本故事改編自高分H Game--主角有馬拓也爲一個無所事事的高中生,他父親是曆史學家,卻在研究時失踪,留下他與繼母兩人相依爲命。暑假時主角收到父親寄來的包裹,裡麵有一個羅盤和三顆水晶珠,以及一封冩着「時間是可逆的,曆史是不可逆的」雲雲以及一些關於平行世界概唸的信,並交待主角晚上去當地有名的地標劍之岬去見一個人。 拓也晚上如約來到劍之岬,髮現自己的繼母亞由美和父親研究夥伴龍藏寺幸三都在場。原本和藹的龍藏寺突然翻臉要有馬把收到的郵包交出來,並拔出槍來威脅他,千鈞一髮之際,一道閃電落下劈在了神社的禦神石上,拓也就